La mission principale de l'AFA a, tout d'abord, été d'établir des règles déontologiques communes à l'ensemble des prestataires français qui en sont membres. En janvier 1998, elle publiait ses premières règles déontologiques fixant les principes communs aux membres de l'AFA (en matière de confidentialité, de responsabilité, de protection des mineurs, de relations avec leurs clients, etc.).
Complétant ce premier texte, le 26 avril 2006, l'AFA a publié des recommandations pour lutter contre le spam. Il s'agit notamment que :
- le poste d'un utilisateur résidentiel ne devrait pouvoir émettre ses messages électroniques que via le serveur de son fournisseur de messagerie électronique ;
- les serveurs de messagerie sont encouragés à autoriser la soumission authentifiée des messages des utilisateurs de leur service sur le port 587 ;
- les fournisseurs de messagerie peuvent être amenés à détecter les comportements anormaux (transmission de virus, mail-bombing, envoi massif de spam, etc.) et dans ce cas peuvent bloquer le(s) compte(s) des utilisateurs dont le poste de connexion a un tel comportement ;
- les serveurs de messagerie doivent avoir un reverse DNS pour chaque IP émettrice, comprenant le nom du domaine auquel peut être adressé un message abuse pour cette expédition ;
- l'ensemble des domaines de messagerie doit mettre à disposition une adresse électronique sous la forme « abuse@domaine ». Cette adresse doit être valide et faire l'objet d'un traitement quotidien ;
- les prestataires de webmails doivent sécuriser ces derniers afin de ne pas permettre la création automatique de nouveaux comptes.
L'AFA est également à l'origine de la signature de trois chartes engageant les acteurs techniques de l'internet vis-à-vis des pouvoirs publics ou d'autres industries.
Le 14 juin 2004, et peu avant la promulgation de la loi pour la confiance dans l'économie numérique (LCEN), l'AFA concluait avec le ministère de l'Industrie une « Charte des prestataires de services d'hébergement en ligne et d'accès à Internet en matière de lutte contre certains contenus spécifiques ». Ce document fixait quelques principes explicitant les dispositions législatives en matière de lutte contre les contenus attentatoires à la dignité humaine (pornographie enfantine, apologie des crimes contre l'humanité et provocation à la discrimination, à la haine ou à la violence à l'égard d'une personne ou d'un groupe de personnes à raison de leur origine, ou de leur appartenance ou non à une ethnie, une nation, une race ou une religion déterminée).
Le 28 juillet 2004, l'AFA était l'un des signataires de la « Charte d'engagements pour le développement de l'offre légale de musique en ligne, le respect de la propriété intellectuelle et la lutte contre la piraterie numérique ». Ce texte avait pour objet de contractualiser les obligations réciproques de chacun des acteurs afin de lutter contre les échanges illicites d'œuvres protégées (musique, films, logiciels).
Le 17 septembre 2005 et sous l'égide du ministère à la Famille, l'AFA et ses membres s'engageait à fournir systématiquement, dès l'inscription, des outils de contrôle parental à leurs utilisateurs et à en faire la promotion.
Le 21 décembre 2005, l'AFA participait à la conclusion de l'accord interprofessionnel sur la vidéo à la demande (VOD). Selon cet accord, les fournisseurs d'accès bénéficient de l'obtention d'une fenêtre spécifique dédiée à la VOD dans la chronologie des médias soit un délai de 33 semaines (7,5 mois) après la sortie du film en salles, de la possibilité pour les plates-formes de lancer des offres à l'acte, sous forme de packs ou par abonnement et de la mise en place d'un comité de suivi qui se réunira tous les deux mois, pendant la durée d'application de l'accord. Au terme des neufs premiers mois et au vu de la mise en place de l'approche graduée, les parties dresseront un bilan intermédiaire qui conduira à sa prolongation ou aux adaptations nécessaires.
Ont été Présidents de l'AFA : Christophe Sapet (1998-2000), Jean-Michel Soulier (2002-2004), Marie-Christine Levet (2004), Giuseppe de Martino (2005-2007), Daniel Fava et Richard Lalande.