La ligne quitte la station est de Perth et se dirige vers l’est à Kalgoorlie. Ce tronçon était déjà contruit en voie étroite lorsqu’on l’a converti en voie normale en 1968. On a changé de locomotive, mais il y avait toujours un changement d’équipage à Kalgoorlie de Westrail (compagnie de l’ouest Australien) à Australian National Railways.
De Kalgoorlie, la ligne traverse ensuite la plaine de Nullarbor sur le rail Trans-Australien jusqu’à Port Augusta. Ce rail, directement construit en voie normale, achevé en 1917 à en parti accéléré l’intégration de l’Australie occidentale à la fédération en 1901. Cette section contient le plus rail du monde (479) à la hauteur de Cook. Lorsqu’elle a été construite, il y avait des changements d’écartement de voie à ses 2 extrémités.
La ligne continue ensuite au Sud vers Port Pirie, ensuite elle repasse à travers les terres au nœud ferroviaire de Crystal Brook, puis au sud vers Adélaïde, la capitale de l’Australie méridionale. De Crystal Brook, la ligne se dirige vers l’est en passant par Broken Hill. Le tronçon de Port Pirie à Broken Hill a été reconstruit en voie normale en 1970 (avant les rails étaient en voie étroite). Celui reliant Crystal Brook à Adélaïde a été construit en 1982. Cependant, l'Indian Pacific ne va pas jusqu'à Adélaïde, les passagers doivent changer de train à Port Pirie.
Depuis Broken Hill, le train continue à travers la Nouvelle-Galles du Sud jusqu'à Parkes, il traverse ensuite les Montagnes bleues et arrive à Sydney.
En 2005, le train fait des arrêts de 3 heures à Broken Hill, Adélaïde and Kalgoorlie et d'environ 1 heure à Cook.