Pour son époque, Megaman possède quelques innovations de taille. Si le joueur contrôle le héros à la manière d'un jeu de plates-formes, il peut néanmoins parcourir les six premiers niveaux dans n'importe quel ordre.
À la fin de chaque niveau, le joueur doit affronter un boss, ici surnommé Robot Master (Maître robot). C'est là que Megaman se démarque complètement des autres jeux de l'époque : en détruisant un boss, il récupère son arme et peut s'en servir contre un autre. Chaque boss ayant pour point faible l'arme d'un autre boss, il incombe donc au joueur de deviner dans quel ordre il devra s'y prendre.
Lorsque les six Robot Masters ont été battus, le joueur peut accéder à la forteresse du professeur Wily, qui est constitué de niveaux plus classiques au sens où il faut parvenir jusqu'à la fin d'un niveau et y battre le boss pour passer au niveau suivant. Par ailleurs, les armes des boss de la forteresse ne peuvent être récupérées par Megaman.
Particularités
Le jeu établit la plupart des conventions de la série classique :
- Megaman peut tirer trois tirs d'affilée ;
- Megaman peut effectuer deux types de saut, en fonction du temps pendant lequel le joueur appuie sur le bouton ;
- La barre de vie de Megaman se trouve à gauche tandis que celle du boss se trouve à droite ;
- Il est possible de revisiter les niveaux terminés (à l'exception de ceux de la forteresse) ;
- Megaman change de couleur en fonction de l'arme utilisé ;
Le jeu est également réputé pour sa grande difficulté. En effet, contrairement à ses successeurs, le joueur ne dispose ni de point de sauvegarde, ni de mot de passe, ni même de réservoirs d'énergie.
Megaman est aussi le seul jeu de la série à utiliser un système de points.