Une communauté de moines a été installée par la famille princière Orbeli sur les hauteurs de la vallée de la rivière Véré et y a construit un monastère. les bâtiments actuels datent du tournant du XIIe et du XIIIe siècle. Le monastère passe ensuite à la famille Gostachabichvili. Le monastère est plusieurs fois saccagé et à demi en ruines à causes des multiples invasions qui frappent la région. Il est restauré au milieu du XIXe siècle, grâce aux efforts du prince Gagarine, futur vice-président de l'Académie impériale des beaux-arts. Il découvre dans les années 1847-1850 les fresques, dont celle de la reine Thamar de Géorgie, et les fait restaurer. Il met plusieurs années à publier en français et en russe un album de reproductions des fresques et à trouver des mécènes.
La petite communauté monastique est dissoute par les autorités de la république socialiste soviétique de Géorgie dans les années 1930 et certains moines sont fusillés. Le monastère reste cependant ouvert au culte de façon plus ou moins légale, mais ferme en 1963 pendant la grande campagne d'athéisme décidée par Khrouchtchev et relayée par les autorités locales. Le patriarche Élie II obtient sa réouverture en 1978. Il a été restauré après l'indépendance du pays dans les années 1990 et la communauté monastique s'est agrandie.