Une coordination nationale lycéenne se déroule le 12 mars et appelle à des blocages de lycées et des « actions d’éclat ». Les occupations de lycées ou d'autres bâtiments de l'Éducation nationale (rectorats, annexe du ministère, etc.) se multiplient. Il arrive que des élèves décident de rester à l'intérieur de leur lycée après les cours. D'autres vont alors chercher de la nourriture, des guitares, etc. Ces occupations durent généralement une soirée, parfois toute une nuit, voire plusieurs nuits, avec un équipement de couchage. Selon eux, l'occupation a un rôle symbolique, permettant d'affirmer que le lycée appartient aux lycéens. Des tracts sont parfois réalisés avec le matériel du lycée occupé.
Des blocages ont lieu : le verrouillage de l'entrée d'un lycée, le but étant de « se faire entendre » par une action forte, et de faire en sorte que les lycéens et professeurs qui ne se sentent pas concernés par la loi Fillon le soient, pour leur proposer de rejoindre le mouvement. Des lycéens viennent très tôt avec des chaînes et cadenassent quelques portes, faisant ensuite barrage devant l'entrée principale. Quand les autres lycéens et les professeurs arrivent, ils ne peuvent passer et reçoivent des tracts. Dans certains lycées, des brutalités interviennent entre ceux qui bloquent l'entrée et ceux qui, politiquement ou non, tiennent à rentrer ; en particulier lorsque la période du baccalauréat se rapproche. Des blocages partiels interviennent : les terminales peuvent passer mais pas les secondes et les premières. La coordination assure que 700 lycées ont été bloqués.
Ces actions se multiplient au fur et à mesure de la lassitude des manifestations, dans une volonté de décentralisation et d'autonomie. On voit à partir de mi-avril des agents de la Direction centrale des Renseignements généraux arriver par groupe de deux ou trois devant tous les lycées mobilisés pour essayer de collecter des informations sur les actions lycéennes à venir. Après le 8 mars, les lycéens parisiens voient comme autre avantage à ces actions la prévention des vols avec violence durant les manifestations.
Le mouvement faiblit et se radicalise en même temps. Les syndicats qui avaient pris en main le mouvement, l'UNL et la FIDL, sont débordés par la coordination lycéenne (modèle de fédéralisme et d'auto-gestion de la lutte, ce mouvement débouchera sur la création des premiers SUD Lycéen ), plus politisée. Les blocages connaissent leur point culminant le 7 avril par une « journée nationale de blocage » appelée par la coordination, avec 370 lycées bloqués sur 2600 selon la FIDL. Les interventions des forces de l'ordre sont parfois « musclées ».
Les occupations de lycées sont suivies de quelques autres occupations plus spectaculaires : le 7 avril les rectorats de Paris et de Rennes sont envahis par des manifestants ; le 12 avril, l'inspection académique à Bobigny ; le 20 avril une annexe du ministère de l'éducation à Paris (occupation qui s'est conclue par cent soixante gardes à vue). Une autre action, au viaduc de Millau (Aveyron) le 28 mars, est organisée par des lycéens de Millau, Montpellier et Rodez, consistant en une opération de péage gratuit. La compagnie Eiffage assigne au tribunal de grande instance une quinzaine de lycéens, parents d’élèves, enseignants et militants, demandant 23 000 euros de dédommagements. En novembre 2005, la pression lui fait retirer sa plainte.