L'île est habitée par une population swahilie depuis au moins le VII siècle. Selon le mythe fondateur rapporté par la tradition, dans la chronique de Pate, le sultanat de Pate aurait été fondée par des réfugiés d'Oman en 1203. C'est à cette époque qu'aurait été fondée la Dynastie Nabahani. Toutefois les travaux historiques et archéologiques ont démontré que la cité est beaucoup plus ancienne et que la dynastie Nabahani prend le pouvoir bien plus tard (probablement au XVIIe siècle et au plus tard vers 1688). L'île devient un centre de première importance au XVI siècle et reste un centre de culture important du monde swahili. L'île est subjuguée par la dynastie omanaise des Busaidi, établie à Zanzibar, au XIX siècle.
| 1688 à 1713 | Bwana Mkuu |
| 1713 à 17?? | Bwana Tamu |
| 1779 à 1809 | Fumo Madi ibn Abi Bakr |
| 1809 à 1813 | Ahmad ibn Shaykh |
| 1813 à 1818 | Fumo Luti Kipunga ibn Fumo Madi |
| 1818 à 18?? | Fumo Luti ibn Ahmad |
| 18?? à 1823 | Bwana Shaykh ibn Fumo Madi | 1 fois |
| 1823 à 18?? | Bwana Waziri ibn Bwana Tamu | 1 fois |
| 18?? à 18?? | Bwana Shaykh ibn Fumo Madi | 2 fois |
| 18?? à 1830 | Bwana Waziri ibn Bwana Tamu | 2 fois |
| 1830 à 1840 | Fumo Bakari ibn Shaykh |
| 1840 à 1856 | Ahmad ibn Fumo Bakari |
| 1856 à 1858 | Ahmad Simba Balla ibn Fumo Luti |
| Dynastie xxx |
| 1858 à 1870 | Shaykh Muhammad |
| 1870 | abolition du sultanat |
