On commence par règler le volume à prélever sans dépasser la portée de la pipette : c'est-à-dire la tranche de volumes pour laquelle elle est conçue.
Par exemple, une "P20" (10 µl à 20 µl) ne doit pas être réglée à moins de 10 µl ou à plus de 20 µl. C'est aussi entre ces deux valeurs que la précision est la meilleure.
Pour pipetter, on tient la pipette automatique par le corps avec les quatre doigts de la main droite (si on est droitier) et le pouce sert à actionner le piston ou l'éjecteur de cônes.
Les pipettes automatiques sont dotées de deux crans en fonction de la force qu'on applique sur le piston :
- le premier permet d'aspirer le liquide avec la bonne pression correspondant au volume choisi ;
- le second permet l'éjection du liquide prélevé pour que rien ne reste dans le cône. En effet, un liquide visqueux (chargé par exemple en protéines ou acides nucléiques) a tendance à adhérer aux parois.
Il faut prendre garde à ne surtout pas prélever avec le second cran (c'est-à-dire dépasser le premier cran et atteindre le second), car dans ce cas un volume beaucoup trop important est aspiré, de plus le liquide est susceptible d'entrer dans la mécanique de la pipette et de l'endommager.
Lorsque l'on cherche à faire des prélèvements précis, il est important d'immerger le cône le moins possible pour éviter que du liquide n'adhère à l'extérieur du cône.
On se sert de la main gauche pour tenir, ouvrir ou fermer les microtubes.