Le nom de Rona (Rònaidh en gaélique écossais) est issu du vieux norrois Hrauney, "l'île rude" ; cette étymologie est sans doute la trace d'une occupation ancienne par une population scandinave.
La population de Rona, très faible avant le XIX siècle, a beaucoup augmenté à cette époque, atteignant son maximum de 180 habitants en 1881. Ceux-ci étaient en majorité des crofters et leurs familles, chassés de leurs terres - situées principalement à Raasay, plus fertile - lors des Highland Clearances. En 1921, un groupe d'hommes du principal village de Rona, Acarsaid Thioram (le port sec), a débarqué à Raasay pour tenter de retrouver leurs terres ancestrales. Ces Rona Raiders ont été arrêtés et jugés, mais, l'opinion publique étant fortement en leur faveur, ils furent libérés et autorisés à vivre à Raasay. Ces évènements ont mené à l'acquisitionpar le gouvernement britannique, en 1922, de Rona et Raasay, jusque là propriété d'un landlord.
La population de Rona a fortement décru dans les années qui ont suivi, car la plupart de la population a suivi les Rona Raiders et s'est réinstallée à Raasay. En 1943, l'île était devenue inhabitée, à l'exception de deux gardiens de phare vivant à l'extrémité nord de l'île jusqu'à l'automatisation en 1975.
Les ruines d'Acarsaid Thioram sont toujours visibles, et un projet de restauration a été entamé afin de créer des sites d'hébergement pour les vacanciers, les archéologues, ainsi que les biologistes venant étudier le milieu naturel.
En 1992, Rona a été rachetée au gouvernement par un Danois, qui a restauré Rona Lodge à Acarsaid Mhòr (le grand port) et construit un nouvel embarcadère. Rona abrite actuellement un seul résident permanent, son gardien, qui vit à Rona Lodge, devenue refuge, et gère les cottages en location à Acarsaid Thioram.
