La Station marine d'Endoume (SME) est un institut de recherche en océanographie et biologie marine fondé en 1882 par Antoine-Fortuné Marion à Marseille, sur la presqu'île de Malmousque dans le quartier d'Endoume. Elle dépend du Centre d'océanologie de Marseille, du CNRS et de l'Université de la Méditerranée.
Station Marine d'Endoume, siège du Centre d'Océanologie de Marseille
Le premier laboratoire de zoologie et biologie marine de province fut fondé à Marseille en 1869. Fortuné Marion en prit la direction en 1872 et initia l'édification et le développement de ce qui allait devenir la station marine d'Endoume dont le bâtiment historique a été construit entre 1883 et 1886, à l'emplacement d'une ancienne batterie côtière. A cette époque, la Station marine fut le siège de recherches actives sur la faune des écosystèmes du golfe de Marseille et elle abrita pendant de nombreuses années un aquarium public.
Les années 50 furent une période d'expansion pour la station marine d'Endoume avec l'accession à sa direction de Jean-Marie Pérès qui réalisa l'agrandissement des locaux. En 1954, le premier DEA d'océanographie biologie de France est créé dans le laboratoire de la station marine. Elle devient un haut lieu de l'océanologie avec l'apparition de nouvelles thématiques de recherche: microbiologie, sédimentologie, hydrologie, biochimie. La station marine est intégrée depuis 1983 dans le Centre d'océanologie de Marseille qui est également implanté sur le campus de Luminy.
Le bâtiment d'origine comprend une seule aile bordée, à sa droite, d'une tourelle arrondie contenant l'escalier principal. Il est prolongé par une terrasse flanquée de part et d'autre de deux escaliers en pierre. Inauguré en 1889 par Fortuné Marion, ce bâtiment d'origine fut tout d'abords remis en état en 1954 par Jean-Marie Pérès, lequel fera connaitre trois autres époques à la construction :
Le projet de bâtiment 5 , qui devait se situer au-dessus du jardin du laboratoire ne vit jamais le jour.
Ces construction successives, si elles ont augmenté la capacité d'accueil de la station, ont cependant enlaidi le bâtiment d'origine, comme en témoignent les images ci-après. Citons à ce propos Patrick Arnaud :
« Il est tout à fait regrettable que le style de ces bâtiments soit si mal accordé à celui du bâtiment d'origine, si peu adapté au site côtier naturellement pittoresque, et inutilement hétéroclite. »
 Le « Laboratoire d'Endoume » en 1897. Notez les deux escaliers symétriques |  Entrée du « Laboratoire d'Endoume » en 1897 |  Plan du « Laboratoire d'Endoume » en 1897 |  G. Gastine et A.-F.Marion dans une salle du laboratoire d'Endoume vers 1897 |  Médaillon de A.-F.Marion sur le mur Est de la Station |
 Station Marine d'Endoume en 2009. Seul l'escalier Est subsiste |
Le 12 octobre 1989, Jean-Marie Pérès et Robert Vigouroux, Maire de Marseille, ont célébré le centenaire de la Station Marine d'Endoume, en dévoilant une plaque commémorative scellée juste au-dessous du profil de A.-F.Marion.
Il a fallu attendre 1979, et le livre de Arnaud et Beurois, pour reconstituer une première liste des directeurs successifs de la SME depuis 1872. Les successeurs ont été rajoutés à cette chronologie :
| Nom | Titres | Années |
|---|---|---|
| Antoine Fortuné Marion | Professeur de sciences naturelles | 1872-1900 |
| Etienne Jourdan | Professeur de physiologie | 1900-1919 |
| Gaston Darboux | Professeur de Zoologie | 1919-1921 |
| Albert Vayssière | Professeur spécialiste des Mollusques Opisthobranches | 1921-1924 |
| Maximilien Kollmann | Professeur de Zoologie | 1925-1948 |
| Jean-Marie Pérès | Professeur, membre de l'Institut | 1948-1983 |
| François Blanc | Professeur | 1983-1996 |
| Lucien Laubier | Professeur | 1996-2001 |
| Ivan Dekeyser | Professeur | 2001- |
La station marine abrite aujourd'hui principalement le laboratoire DIMAR mais également des composantes des laboratoires LOBP et LMGEM. La station marine a développé une longue tradition de biologie systématique et elle a abrité pendant des années des spécialistes renommés de groupes zoologiques tels que les éponges, les annélides, les lophophorates (brachiopodes et phoronidiens) ou les bryozoaires. Des scientifiques de la Station ont par exemple découvert pour la première fois une éponge carnivore vivant dans une grotte sous-marine près de Marseille.
Les recherches menées actuellement s'inscrive pour partie dans cette longue tradition systématique avec le développement de la phylogénie moléculaire et de l'évodévo appliqués à de nombreux groupes organismes marins comme les éponges ou les chaetognathes. Au cours des dernières années, de nouveaux axes de recherches comme la génétique des populations ont été développés. L'expertise des scientifiques de la station est par ailleurs reconnue dans l'évaluation des conséquences du réchauffement climatique et de l'impact des activités humaines sur l'environnement.
La Station Marine d'Endoume est actuellement menacée par un projet de relocalisation qui viserait à abandonner le bâtiment historique de Malmousque pour réunir toutes les activites scientifiques du Centre d'océanologie de Marseille sur le campus de Luminy. Ce projet a rencontré de vives oppositions au sein de la communauté scientifique car il remet en cause l'accès à la mer nécessaire pour de nombreuses thématiques développées dans ce laboratoire .