L'algorithme est basé sur des travaux de David Deutsch, datant de 1985, concernant le cas n = 1. La question était de savoir si une fonction booléenne, f{0,1}→{0,1}, était constante.
En 1992, l'idée a été généralisée pour pouvoir être appliquée sur un nombre n bits en entrée et savoir si la fonction était constante ou équilibrée.
L'algorithme de Deutsch n'était pas, à l'origine, déterministe. L'algorithme retournait une réponse juste avec une probabilité de 50%. L'algorithme original de Deutsch-Jozsa était déterministe, mais, à la différence de l'algorithme de Deutsch, il nécessitait deux évaluations de la fonction.
Plusieurs améliorations ont été apportées à l'algorithme de Deutsch-Jozsa par Cleve et al qui ont résulté en un algorithme qui est déterministe et ne nécessite qu'une seule évaluation de la fonction f. Cet algorithme est appelé l'algorithme de Deutsch-Josza en l'honneur de l'importance des techniques qui ont été utilisées.
L'algorithme de Deutsch-Jozsa a servi d'inspiration pour les algorithme de Shor et de Grover, deux des algorithmes quantiques les plus révolutionnaires.