D'après la classification de référence (version 2.2, 2009) du Congrès ornithologique international (ordre phylogénique) :
- Troglodytes troglodytes – Troglodyte mignon
- Troglodytes tanneri – Troglodyte de Clarion
- Troglodytes aedon – Troglodyte familier
- Troglodytes cobbi – Troglodyte de Cobb
- Troglodytes sissonii – Troglodyte de Socorro
- Troglodytes rufociliatus – Troglodyte à sourcils roux
- Troglodytes ochraceus – Troglodyte ocré
- Troglodytes solstitialis – Troglodyte montagnard
- Troglodytes monticola – Troglodyte des Santa Marta
- Troglodytes rufulus – Troglodyte des tépuis
Le troglodyte mignon peut-être placé dans un genre particulier Nannus Billberg, 1828, au vu des résultats des test d'hybridation de l'ADN, mais le Congrès Ornithologique International le maintient dans le genre Troglodytes.