Apache Derby fut conçu à l'origine par Cloudscape Inc, une startup fondée à Oakland, Californie en 1996 pour développer des technologies Java. La première sortie de cette base de données, alors appelée JBMS, fut en 1997. Par la suite ce produit fut renommé Cloudscape et de nouvelles versions apparurent approximativement tous les six mois. En 1999 Informix Software fit l'acquisition de Cloudscape Inc. En 2001 IBM fit l'acquisition de la section base de données d'Informix Software, ce qui incluait Cloudscape. Cloudscape continua d'évoluer, principalement pour être embarqué dans les applications Java d'IBM. En août 2004 IBM fit don du code à la fondation Apache en tant que Derby, commandité par le projet Apache DB. En juillet 2005 le projet Derby quitta la partie Incubator d'Apache et est depuis développé comme sous-projet de Apache DB.