L'accident
Vers 3 heures du matin, le 29 janvier 2006, la chute des deux contrepoids de l'une des huit vannes a entraîné la destruction de celle-ci et la vidange de la retenue du barrage . Cinq millions de m d'eau se sont ainsi libérés en quelques heures, produisant en aval une importante augmentation du débit du fleuve (passant de 140 m/s à 480 m/s ) et une lame d'eau supplémentaire d'environ 1,50 m de haut à Mouleydier, deux kilomètres en aval, et de 90 cm à Bergerac, situé à 13 kilomètres du barrage . Les dégâts furent cependant limités, le débit naturel de la Dordogne étant, à cette époque, relativement bas.
Les jours suivants, quatre autres vannes furent laissées ouvertes de façon à laisser un libre écoulement de l'eau et à favoriser la circulation des poissons .
En amont, la Dordogne a retrouvé son profil du XIX siècle, révélant à nouveau les zones de rapides . L'écosystème de type lacustre a été chamboulé. À proximité du barrage, les rives se retrouvent désormais perchées 10 mètres au-dessus du lit du fleuve, découvrant des rejets hydriques (fuites du tout proche canal de Lalinde) et d'effluents , en provenance de particuliers comme d'installations industrielles.
Sur l'emprise de l'ancienne retenue, la pêche et la navigation ont été interdites par la Préfecture .
Le nouvel aménagement
Le barrage a été réhabilité en prévoyant une meilleure stabilité face aux séismes et en prenant en compte la possibilité de crues millennales , ce qui a conduit à le rehausser de 4 mètres . Le système des contrepoids a été supprimé et toutes les parties à composante métallique ont été renouvelées par la société Joseph Paris de Nantes .
La dévalaison des poissons migrateurs a enfin été abordée par la mise en place pour les smolts d'un masque (obstacle qui les détournera des turbines) qui les guidera vers des passes et la programmation d'arrêts ponctuels des turbines pour permettre le passage des anguilles, en période de pointe de migration de celles-ci .
L'ensemble des restructurations du barrage et de l'usine a coûté 35 millions d'euros dont 5 pour les seuls aménagements liés aux poissons .
La remise en eau a commencé le 20 janvier 2009 et le redémarrage de la production électrique est programmé du 18 au 29 mai 2009.