Devant l’autel, la dalle funéraire de l’ancien tombeau du saint-curé est restée. Jusqu’en 1732, le corps de Pierre Fourier y reposa. Sur la pierre tombale, il est représenté en habit de chœur et bénissant. On remarquera l'ensemble du mobilier en fonte sculptée du XIX siècle et les très beaux vitraux modernes en dalles de verre (atelier Gabriel Loire, de Chartres). Ils remplacent ceux de 1853, anéantis par la double explosion qui fit sauter le pont du Madon, en 1940 et 1944. Ces vitraux représentent des scènes enchevêtrées de la vie du saint, qui se « lisent » de bas en haut. Sur la gauche du chœur, la chapelle de la Bienheureuse Alix Le Clerc. À droite, la chapelle des reliques de Pierre Fourier. Dans cette dernière, la châsse en bois doré a été offerte par la duchesse régente, Élisabeth Charlotte d'Orléans, pour la béatification de 1730. Le vitrail de cette chapelle rappelle quelques-uns des monastères de la Congrégation.