Militant pour les libertés fondamentales dans la société de l'information par la neutralité du net et le logiciel libre, ses prises de positions en ont fait une personnalité remarquée de l'Internet français.
Fort de son autorité technique, Benjamin Bayart critique dans cet exposé, répété à plusieurs reprises, les transformations centralisatrices de la forme du réseau Internet qui portent atteinte à sa neutralité. La tentative de définition de ce réseau des réseaux qu'il engage, dans une perspective structurellement dépourvue de centre émetteur ou régulateur, se constitue en opposition au mécanisme actuel de centralisation des sources émettrices de contenus et de services.
C'est en cela qu'il dénonce les mouvements de ce mécanisme, car ils conduisent à réintroduire la possibilité d'un contrôlevertical et unilatéral que permettait la forme du réseau minitel, essentiellement dépourvu de neutralité. C'est pourquoi son interprétation de ces mouvements se caractérise par une perception franchement involutive, du nouveau modèle vers l'ancien. Il condamne ainsi les tendances d'un nouveau marché régi par des distributeurs de services, progressivement absorbés par les quelques fournisseurs d'accès en situation de monopole.
En fondant son effort de définition d'Internet sur ses principes de fonctionnement, il démontre que l'absence de centre émetteur, régulateur ou diffuseur, c'est-à-dire sa neutralité, conditionne la liberté des échanges entre internautes. Cette démonstration administre ainsi la preuve que la notion de neutralité du net se place en garante des évolutions rationnelles d'Internet, celles qui confèrent à ses utilisateurs son potentiel d'émancipation équitable, en termes d'expression individuelle, de diffusion du savoir et de partage à but non lucratif de biens immatériels.
Fort du succès de la conférence des RMLL 2007, il a également participé à une table ronde aux RMLL 2009 sur la neutralité du net puis tenu une seconde conférence à l'université de Rennes 1 intitulée « Qui veut contrôler internet ? » (où il expose le rapport à la récente loi HADOPI).
Avec l'augmentation de sa notoriété, il a par la suite été amené à répondre à plusieurs interviews dans des médias plus traditionnels, et a été invité dans l'émission télévisée Ce soir (ou jamais !) animée par Frédéric Taddeï.
Courant 2010, Benjamin Bayart est interviewé au journal télévisé de la chaîne Public Sénat concernant la loi LOPPSI et suite au colloque sur la neutralité des réseaux. Il participe et alimente le débat du colloque organisé le 13 avril 2010 par l'ARCEP dont le thème est la neutralité des réseaux. Il se confronte alors notamment à la vision qu'en à Nicolas Curien, un des membres du collège de l'Arcep qualifiée alors de « quasi-neutralité ».
Entre avril-mai 2010, il donne un cycle de trois conférences à SciencesPo organisées par l'association de l'école « Libertés Numériques » sur le thème « Qu’est-ce qu’Internet ? ».
Le 6 mai 2010, Benjamin Bayart, en sa qualité de président de FDN, dépose, après que la La Quadrature du Net l'a relevé, un recours pour vice de forme auprès du conseil d'état concernant un décret de la loi HADOPI : en effet, alors que la loi aménage l'activité des opérateurs de télécommunications, l'ARCEP n'a pas été consulté comme le stipule l'article L. 36-5 du Codes des Postes et Communications Électroniques.
Dans le cadre du hackingspace « Pas Sage en Seine » mi mai 2010, il présente une conférence sur comment créer un fournisseur d'accès internet associatif.
Logiciel "libérateur"
Bien avant la médiatisation du Minitel 2.0, Benjamin Bayart défendait une certaine conception du logiciel libre, en employant le vocable de logiciel libérateur. Selon lui, la licence libre d'un logiciel n'est pas suffisante pour garantir la liberté de l'utilisateur ("si on libère le code, on libère l'informaticien, si on libère la donnée, on libère l'utilisateur"), mais un logiciel libre devrait donner l'information sans faire de rétention, ni utiliser un format propre à lui seulement (notion d'interopérabilité). Dans sa conférence aux RMLL de 2004, il soutenait que les logiciels libres ne devraient pas se contenter de "cloner" des outils propriétaires, et critiquait la rareté des tests dans les projets open source.
