Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Bryophyta (Bryophytes, Mousses), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Bryophyta ├─o │ ├─o Takakiales │ └─o Sphagnales └─o ├─o Andreaeopsida │ ├─o Andreaeobryales │ └─o Andreaeales └─o Bryopsida ├─o Oedipodiaceae └─o ├─o Polytrichales └─o ├─o Tetraphidaceae └─o ├─o Buxbaumiaceae └─o ├─o Diphysciales └─o ├─o Funariidae │ ├─o Timmiales │ └─o │ ├─o Encalyptales │ └─o Funariales └─o ├─o Dicranidae │ ├─o │ │ ├─o Archidiales │ │ ├─o Scouleriales │ │ └─o Grimmiales │ └─o │ ├─o Bryoxiphiales │ ├─o Pottiales │ └─o Dicranales └─o Bryidae ├─o Hedwigiales └─o Bryales └─o ├─o │ ├─o Orthodontiales │ └─o │ ├─o Aulacomniales │ └─o Rhizogoniales └─o ├─o │ ├─o Orthotrichales │ └─o Splachnales └─o ├─o Hypnodendrales └─o ├─o Ptychomniales └─o Hypnanae ├─o Hookeriales └─o Hypnales
 Bryophyta (région de Seattle, USA) |  Hypnum cupressiforme (Hypnaceae) (à gauche), Dicranum scoparium (Dicranaceae) (au centre), Polytrichum formosum (Polytrichaceae) et Pleurozium schreberi (Hylocomiaceae) (à droite) |  Sphagnum fallax (Sphagnaceae), Allemagne | |
 Plagiopus oederianus (Bartramiaceae) en Autriche |  Bryophyta (Urbana, USA) |  Brachythecium rutabulum (Brachytheciaceae), région de Bonn (Allemagne) |  Bryum argenteum et Bryum capillare (Bryaceae), région de Bonn (Allemagne) |
 Polytrichum formosum (Polytrichaceae), Belgique |  Grimmia pulvinata (Grimmiaceae) |