Une propriété particulièrement intéressante de beaucoup de caténanes est la capacité des cycles de tourner l'un autour de l'autre. Ce mouvement peut souvent être détecté et mesuré, grâce entre autres à la RMN. Quand des motifs de reconnaissance existent dans le caténane (généralement les motifs utilisés pour la synthèse), le caténane peut avoir une ou plusieurs positions thermodynamiquement préférées d'un cycle par rapport à l'autre. Dans le cas où un des sites est en partie modifiable, on a un interrupteur moléculaire. Lorsqu'un caténane est synthétisé par coordination des macrocycles autour d'un ion métallique, le fait d'enlever ou de replacer l'ion métallique peut permettre d'allumer ou d'éteindre la rotation libre des cycles.
Des caténanes incorporant différentes unités fonctionnelles ont été synthétisés, comme par exemple avec un site d'oxydoréduction (viologène, Tétrathiafulvalène), des groupes photoisométrisables comme l'azobenzène, des groupes flurorescents ou des groupes chiraux. Certaines de ces unités ont été utilisées pour créer des interrupteurs moléculaires comme décrit ci-dessus, ainsi que pour créer des outils moléculaires électroniques et des sondes moléculaires.