Dès le début, le chemin de fer fut l'objet d'attaques par les tribus arabes voisines. Même si ces attaques ne réussirent jamais, les Turcs ne réussissaient pas à contrôler le terrain sur plus d'un ou deux kilomètres de part et d'autre de la voie. Certains tronçons furent posés sur des traverses métalliques pour contrer les habitudes locales qui consistaient à se servir des traverses en bois pour alimenter les feux de camps.
La ligne fut endommagée à plusieurs reprise au cours des combats de la Première Guerre mondiale, en particulier du fait des attaques des bandes arabes dirigées par Lawrence d'Arabie. Après l'éclatement de l'empire ottoman, le chemin de fer du Hedjaz ne fut jamais remis en exploitation au sud de la frontière entre la Jordanie et l'Arabie saoudite.
Une tentative de réouverture de la ligne fut faite au milieu des années 1960, mais elle fut abandonnée à cause de la guerre des six jours.
Deux parties de la ligne du Hedjaz fonctionnent toujours à l'heure actuelle, en Syrie et en Jordanie, et constituent d'ailleurs l'essentiel des chemins de fer jordaniens. Une ligne relie Damas à Amman, et l'autre les mines de phosphates de Ma'an au golfe d'Aqaba. En 2004, le terminus historique de la gare du Hedjaz à Damas fut fermé, et la ligne finit maintenant à la gare Qadam, dans la banlieue de Damas.
En Arabie saoudite, des vestiges du chemin de fer, voie, bâtiments et matériel roulant, sont conservés comme attractions touristiques. Les trains détruits par Lawrence d'Arabie peuvent encore se voir.