Le Clemenceau a effectué sa dernière sortie à la mer le 16 juillet 1997. Il a été désarmé le 1 octobre 1997. Il relevait depuis le 3 mars 1998 de la Majorité générale, puis du commandant de la Base navale de Toulon.
D'abord destiné à être démantelé en Espagne mais qui en fait partait en Turquie il a été récupéré à proximité de l'Italie.
Il a été vendu pour démolition le 14 avril 2003 au consortium Ship Decomissioning Industries Corporation (SDI), administré par la société allemande Eckhart Marine GmbH, chargée de le désamianter et de le démanteler. La présence d'une grande quantité d'amiante (1000 tonnes) dans les gaines entourant toutes les sources de chaleur et dans les protections thermiques des soutes à munitions et à carburant a retardé son départ pour l'Inde pendant près de trois ans, en raison des obstacles juridiques dressés par un collectif de quatre associations — Greenpeace, l'Association nationale des victimes de l'amiante (ANDEVA), Ban Asbestos et le Comité anti-amiante —, qui jugeaient dangereux le transfert du navire.
Après le rejet par le juge des référés du tribunal administratif de Paris des requêtes de ces quatre associations l'ancien porte-avions a appareillé sans encombre dans le port de Toulon, le samedi 31 décembre 2005 vers 10h du matin pour le chantier Shree Ram Vessels Scrap Limited d'Alang, en Inde, où il était prévu qu'il soit désamianté et démantelé, encadré par un dispositif de sécurité mis en place par la préfecture maritime. Il était harnaché à quatre remorqueurs de la marine nationale. Une fois au large, un seul d'entre eux, la Carangue, l'a pris en charge et l'a amené en haute mer avant de le remettre au remorqueur de la société SDI, chargée du désamiantage du vaisseau. Se déplaçant à la vitesse de cinq nœuds (environ 9km/h), le convoi a été escorté par la frégate Aconit jusqu'au canal de Suez.
21 janvier 2006 : Les autorités égyptiennes, après avoir bloqué le 12 janvier, l'entrée du Clemenceau en attendant des précisions, ont fini par le laisser franchir le canal. Le coût du voyage aller serait de plus de 2,5 millions d'euros, notamment 45 000 euros par jour pour le remorqueur.
Le 15 février 2006, suite au refus de l'Inde d'accueillir le Clemenceau et à la décision du Conseil d'État français, Jacques Chirac, à la veille de sa visite en Inde, a ordonné le rapatriement de celui-ci à Brest en passant près de la Réunion en contournant l'Afrique pour un coût estimé à quatre millions d'euros. Le maire de Brest s'inquiète de la présence future de cette épave dans la rade.
Cette décision du gouvernement indien fait suite à une campagne d'ONG et en particulier de Greenpeace protestant contre l'exportation d'épaves amiantées des pays riches vers les pays pauvres. Il faut toutefois noter qu'à la même période, un très gros vaisseau de transport de troupes britannique, le Sir Galahad, amianté comme tous les bâtiments de guerre de cette époque, est en train d'être découpé sur le même chantier indien après être passé lui aussi par le canal de Suez sans aucune protestation. Le 28 février 2006, dans un débat à la commission de la défense nationale de l'Assemblée nationale, les députés considèrent que la campagne contre le Clemenceau constitue une action d'intelligence économique . Cette action pourrait avoir un rapport avec un marché d'avions de chasse du gouvernement indien dans lequel le Rafale est en course.
17 mai 2006 : le Clemenceau retrouve Brest, le port où il a été construit cinquante ans plus tôt. Le jour même, la marine américaine coule l'un de ses porte-avions, l'USS Oriskany, au large de la Floride pour en faire un récif artificiel.
Depuis, la question de son démantèlement se pose avec insistance. De nombreux projets ont vu le jour, certains plus ou moins farfelus. Saint-Paul, qui n'est pas soumise à la convention de Barcelone, a vu certains de ses citoyens demander à s'approprier le navire pour le couler en rade de la ville et en faire un récif artificiel.
