La Colonie française du Darién est apparue dans l'isthme de Panama, sur la terre ferme en face des îles San Blas, un peu avant la guerre de la ligue d'Augsbourg à la fin du XVIIème siècle. Elle dura jusqu'en 1761, sans aucune existence légale ni reconnaissance officielle de la France, si ce n'est sa participation, plus ou moins partielle, à l'expédition de Carthagène menée par les flibustiers de Saint-Domingue en 1697.
Au Sud-Est de l'isthme du Panama, près de l'archipel des îles San Blas, les « Indiens des Sambres », appelés aussi Kunas exploitaient du cacao de longue date. Ce commerce est stimulé par l'échange d'armes et d'autres marchandises, que leur procurent les boucaniers français, anglais et hollandais, qui se rendent au Rendez-vous de l'île d'Or.
La région sous le contrôle de Carthagène était sujette à une certaine instabilité et de nombreuses révoltes, tant chez les noirs que les indiens, comme en témoigne le grand palenque de San Basilio, à 60 kilomètres de Carthagène, de l'autre côté du golfe d'Uraba.
La production de la cette colonie française, sans existence officielle ni légale, est exportée en contrebande, en Hollande et en Angleterre, grâce aux boucaniers et aux marchands hollandais de Curaçao. Elle était d'autant plus importante que répartie sur 73 exploitations, avec plus de 100 000 pieds de cacao, selon la demande d'indemnisation déposée après que les indiens ait expulsé les Français en 1760, pour commercialiser le cacao avec des colons anglais, installés clandestinement aussi dans cette zone.
Le nom de Theobroma, ou "boisson des dieux" était donné par les amérindiens à leur production, du Cacao Criollo, la variété la plus fragile mais la plus agréable au goût. Ce nom est repris par les Espagnols, qui considèrent que le Theobroma est le cacao du Darién, alors réputé le meilleur. En 1735, le naturaliste suédois Carl von Linné (1707-1778), véritable autorité scientifique chez les agronomes de l'époque, donne ce nom à l'ensemble des cacaoyers.
Un total de 73 exploitations et plus de 100.000 pieds de cacao sont décomptées au Darién par les Français, un peu après que leurs associés amérindiens, les Kunas les expulsent en 1760 lorsque ils craignent que les Français n'importent des esclaves noirs pour accroître les plantations à l'image de ce que les Espagnols ont fait en 1754 au Vénézuela avec la Compagnie Royale Guipuzcoana et les Portugais en 1755 en Amazonie avec la Companhia Geral do Grao Para e Maranhao du Marquis de Pombal.
L'expulsion des Français a lieu en 1760, en pleine de Guerre de sept ans. Les Kunas poursuivent la production cacaoyère sans les Français, vendant la marchandise à des négociants Anglais de la Jamaïque ou de Londres. C'est l'époque ou se développement deux fabriques de chocolat utilisant l'énergie hydraulique, celle du quaker Joseph Storrs Fry dans le port de Bristol en 1761 et celle du chocolatier James Baker à Boston en 1763, sur la rivière Neponset, associé à l'artisan irlandais John Hannon.
Dès les années 1680, plusieurs centaines de flibustiers descendaient le rio Chuchunaque avec l'aide des indiens Kunas, pour aller piller le Pacifique, dans les expéditions des Mers du Sud.
Les indiens Kunas étaient en guerre contre les Eespagnols depuis un siècle et demi, en raison des combats très violents qui avaient suivi le don d'objets d'or à Vasco Núñez de Balboa, fondateur en 1510 de Santa María la Antigua del Darién, la première colonie permanente sur la Tierra Firme dans l'actuel Colombie. Son successeur Pedro Arias Dávila dit "Pedrarias", gouverneur de la province de Castille d'Or s'était lancé dans des combats acharnés contre les Amérindiens, avant d'être contraint de se retirer vers le nord et de fonder Panama en 1519. Le père Bartolomé de las Casas, nommé à la tête d’une "commission d’enquête aux Indes" avait été témoin de ces violences avant de rentrer en 1517 en Espagne.
En 1575, le flibustier anglais John Oxenham avait noué les premières alliances avec les indiens Kunas et les villages d'esclaves marrons, échappés après avoir été importés par les Espagnols au moment des premiers conflits contre les Kunas. Selon les travaux des sociologues, ceux-ci ont progressivement migré vers le nord, au fil des combats contre les Espagnols, les mêmes traces linguistiques et génétiques étant partagés par deux communautés d'indiens Kunas vivant à 200 kilomètres d'intervalle.
La colonie est décrite dans les récits des pirates William Dampier et surtout Lionel Wafer, qui passe plusieurs années au milieu des indiens Kunas. Il évalue à environ 800 le nombre de Français vivant dans les îles San Blas, avec les indiens, dont ils épousent les femmes, donnant naissance à de nombreux métis. Ces récits sont lus en Angleterre et en Écosse, où à partir de 1695, s'organise le projet Darién, consistant à implanter un peu au sud de la colonie française du Darién, une colonie écossaise spécialisée dans le commerce entre les deux océans. Son promoteur, William Paterson, gouverneur de la Banque d'Angleterre, a lu les récits de corsaires, compte sur l'aide des indiens Kunas et vient voir la colonie française pour se présenter et s'informer.
La colonie est aussi mentionnée dans les échanges des années 1690, entre le secrétaire d'État à la marine Jérôme Phélypeaux de Pontchartrain et l'amiral Jean-Baptiste Du Casse, qui espère s'emparer de Porto Bello, pour franchir l'isthme de Panama. Mais Cartagène en est trop éloignée jugent beaucoup de flibustiers.
Joseph d'Honon de Gallifet, qui succèdera à Du Casse en 1700, fut l'un des acteurs, à la tête de "110 volontaires coloniaux", assistés de "180 noirs libres sous la direction de Jean-Joseph de Paty.
Après l'expédition de Carthagène, plusieurs des flibustiers français ne rentrent pas à Saint-Domingue et préfèrent mettre le cap vers le Rendez-vous de l'île d'Or, et ses environs, où le Projet Darién, vient d'échouer. Trois navires de flibustiers s'échouèrent sur la terre ferme, près de Carthagène, et furent repris par les Espagnols, et quatre autres furent capturés par les Anglais et ramenés à la Jamaïque.
Du Casse lui-même, informé des bonnes relations entre les indiens du Darién, et les flibustiers français avait proposé au Roi de France d'installer une colonie à cet endroit, mais le ministre de la Marine l'en décourage car il craint que la toute jeune Louisiane ne fasse les frais de la fureur espagnole.