Colony Wars se déroule pendant le XLV (45) siècle. L'humanité a successivement développé les technologies de vol intergalactique pour explorer l'univers. Arrivé au XLI (41) siècle des technologies avancées comme le moteur de téléportation et surtout le passage intergalactique permettent à l'empire Terre de commencer une colonisation effrénée de la galaxie et c'est au cours du XLIII (43) siècle que le pillage systématique de toutes les ressources des colonies pour subvenir aux besoins du système Sol (comprenez système solaire) provoque l'émergence d'une insurrection : La Ligue des mondes libres est née.
Au cours des deux siècles qui suivirent, l'insurrection de la Ligue des mondes libres connu de nombreuses phases de montée en puissance passant de la résistance souterraine dans les colonies lointaines à la constitution de flottes de chasseurs puis de vaisseaux de leur propre conception, jusqu'à la bataille de Bennay qui chassa l'Empire des systèmes Gallonigher et Diomédes.
La Ligue des mondes libres est dirigée par une personne mystérieuse dont l'image et la voix sont totalement inconnues de la majorité des membres de la ligue: le Père. Son QG se trouve sur le système stellaire Gallonigher.
L'Empire est dirigé par le Tsar, personne cruelle et intransigeante qui opprime avec violence tout opposant. Le palais du tsar ainsi que son QG se trouve sur le système sol
L'action du jeu commence juste après la bataille de Bennay, la Ligue des mondes libres doit faire face à une contre-attaque de la flotte. Le joueur fait partie des pilotes de chasseurs de la Ligue et doit aider à juguler la contre-attaque.