L'histoire se déroule après Command & Conquer : Alerte rouge, où l'on part du fait que les alliés ont gagné. Staline a péri et son remplaçant, Alexandre Romanov, est défini comme un homme de paix que les alliés pourront garder sous contrôle. Mais c'est sans compter les plans secrets de Romanov qui, aidé par son aide-de-camp Youri et le général Vladimir, utilise la guerre civile du Mexique pour y envoyer ses troupes et les regrouper avant de faire un assaut surprise sur les États-Unis.
Averti, le président américain Dugan menace de riposter par une attaque nucléaire mais Youri, qui est doté de puissantes facultés psychiques, parvient à faire échouer le lancement. Le président demande alors de l'aide aux anciennes puissances alliées pour une nouvelle guerre mondiale.
C'est à ce moment que le joueur choisit une des deux campagnes, Alliés ou Soviétiques, qui voient à terme la victoire du camp choisi.