La DJA est calculée pour une substance, et ne tient pas compte d'effet synergiques possibles lorsque cette substance est associée à une autre. Elle est fixée suite à un examen approfondi de toutes les données et études scientifiques disponibles la concernant.
Le calcul de la dose journalière admissible pour l'homme est basé sur le seuil maximum de consommation au-delà duquel les premiers effets toxiques sont observables. Ce seuil est aussi appelé dose sans effet (DSE) (ou NOAEL : No Observable Adverse Effect Level (en)). La DSE est déterminée par les expérimentations animales ou bien humaines. On obtient alors la DJA en divisant par un facteur 100 à 1000 la DSE afin de prendre en compte les variations quand on extrapole de l'animal à l'homme. Ce coefficient de sécurité varie suivant la classification de la substance active, par exemple il est de 100 pour les composés non cancérigènes.
La DJA fournit ainsi une marge de sécurité large. Ce n'est pas un seuil toxicologique vrai, car il s'agit d'une recommandation basée sur une dose quotidienne consommable en moyenne sur une longue période. Quand l'absorption est inférieure à la DJA, on peut affirmer qu'il n'y a pas de danger pour la santé. Dans le cas où l'apport quotidien est occasionnellement supérieur, il n'y a pas lieu de s'inquiéter non plus.
Une "DJA non spécifiée" est l’expression employée quand il n'est pas jugé nécessaire d'attribuer une DJA chiffrée à une substance. C’est le cas d’une substance dont les données des études toxicologiques, biochimiques et cliniques réalisés permettant de conclure que la consommation d'une substance, dans un aliment dans les proportions requises pour obtenir l'effet désiré, ne présentent pas de danger pour la santé.