L'aventure ENJMIN commence en 1999, lorsque le CNAM du Poitou-Charentes souhaite créer une formation en multimédia dans ses locaux. Cette première formation offre alors un diplôme de type DESS. Plusieurs partenariats se créent, avec entre autres l'Université de La Rochelle, celle de Poitiers, ainsi que le Centre national de la bande dessinée et de l'image et le CNAM de Paris. Deux ans après l'annonce du projet, la première promotion, constituée de 17 élèves, fait son entrée. L'année suivante, le nombre d’élèves a presque doublé, et le nombre de partenaires a considérablement augmenté (pour atteindre 50 entreprises en 2006).
En 2003, le Premier ministre Jean-Pierre Raffarin souhaite que la formation multimédia devienne une école nationale, et c'est ainsi que le DESS se transforme en Master et que l’ENJMIN est officiellement créée en 2005. Les promotions s'enchaînent et le nombre d'élèves augmente. Six spécialités sont ainsi fondées. Le 21 décembre 2006, la première promotion se voit remettre le premier diplôme du Master Jeux et Médias Interactifs Numériques.
Le parrain de la première promotion de l'ENJMIN (2004-2006) est le concepteur Frédérick Raynal, et celui de la seconde promotion (2005-2007) le créateur multimédia Eric Viennot.
Stéphane Natkin, directeur de l'école, est connu pour ses livres sur le jeu vidéo.