L'origine des éléphants de Bornéo est controversée. Selon deux hypothèses concurrentes, ils sont soit autochtones, soit introduits et descendent d'éléphants importés du XVIe au XVIIIe siècle. En 2003, le chercheur canadien William Sommers, par le biais de l'ADN mitochondrial, a découvert que les ancêtres de l'éléphant de Bornéo ont été séparés de la population du continent au cours du Pléistocène, il y a 30 000 ans environ. La sous-espèce vivant actuellement à Bornéo fut isolée des autres populations d'éléphants d'Asie au moment où les ponts qui reliaient Bornéo et les autres îles de la Sonde au continent disparurent après la dernière glaciation, il y a 18 000 ans. L'isolement peut être la raison pour laquelle il est devenu plus petit avec de grandes oreilles relativement rondes, la queue plus longue, et des défenses plus rectilignes.
D'autres scientifiques affirment que les éléphants de Bornéo ont été introduits par le sultan de Sulu puis abandonnés, et que la population sur Sulu, jamais considérée comme indigène, a été importée de Java. Ainsi, l'éléphant de Bornéo appartient peut-être à l’espèce considérée comme éteinte de l'éléphant de Java. De nombreux faits appuient cette hypothèse, y compris l’absence de preuve archéologique d'habitation à long terme de l'éléphant à Bornéo, une confirmation de l'absence des éléphants dans le folklore et l'absence d'éléphants colonisant toute l'île de Bornéo.
