Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eukaryota (Eukarya, Eucaryotes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Eukaryota ├─o Unikonta │ │ │ ├─o Amoebozoa ► │ │ │ └─o Opisthokonta ► │ └─o Bikonta ├─? Apusozoa │ ├─o Diphyllatea ou Collodictyonidae │ ├─o Hilomonadea │ │ ├─o Micronuclearia │ │ └─o Planomonadida │ └─o Thecomonadea │ ├─? Hemimastigophora ou Spironemidae │ ├─o Ancyromonadidae │ └─o Apusomonadida └─o ├─o Excavata ► └─o ├─o Plantae ou Archaeplastida ► │ └─o Chromalveolata ► (paraphylétique ?) │ └─o Rhizaria ►
 Orchis longicornu (Archaeplastida, Angiospermata, Asparagales, Orchidaceae) |  Flammulina velutipes (Mycota, Basidiomycota, Agaricales, Marasmiaceae) |  Chrysaora sp. (Metazoa, Cnidaria, Scyphozoa)]] |  Lionne d'Afrique (Panthera leo, Metazoa, Mammalia, Felidae) |
À la suite du développement de la cladistique et des phylogénies moléculaires, la classification des organismes autres que bactériens (ou procaryotes) a été entièrement revue. Le regroupement de tout ce qui n'est ni plante verte, ni champignon, ni animal au sein des Protistes n'a plus lieu d'être.
De très nombreux phyla, parfois monospécifiques, ont été reconnus comme monophylétiques. Leur regroupement est moins consensuel : place des organismes sans mitochondries, nombre d'endosymbioses de chloroplastes et phylogénie subséquente, etc. Ainsi, les « Archéplastides » usurpent peut-être leur nom ! Auquel cas le groupe serait paraphylétique (cf. Nozaki 2003 et Yoon 2008). Quant aux Chromalvéolés, ils comportent vraisemblablement en leur sein les Rhizariens, détachés des Excavés qui retournent à la base des Bicontes, bien que l'absence de mitochondrie soit aujourd'hui considérée comme secondaire. C'est l'analyse de Burki 2007 qui est, en gros, suivie ici.
Les Apusozoaires restent incertae sedis à proximité de la séparation entre Unicontes et Bicontes, sans que la monophylie du groupe soit démontrée.
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également la nomenclature traditionnelle (règnes, phyla, classes, etc.).
Seuls les Protozoa sensu Cavalier-Smith sont développés ci-dessous. Les autres règnes le sont aux pages correspondantes.
À la suite des nombreux travaux, notamment de Thomas Cavalier-Smith et de Sandra L. Baldauf, réorganisant la classification des organismes à cellule eucaryote au fil des analyses phylogénétiques, ce comité a tenté de stabiliser une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques.