L'extension d'un fichier peut être modifiée par l'usager de la même manière que le nom de fichier. Cependant ceci peut provoquer une confusion si le système d'exploitation appréhende le format de fichier d'après l'extension: Lors des manipulations du fichier, le système d'exploitation utilisera le logiciel correspondant à l'extension, cependant ce logiciel n'est pas forcément concu pour manipuler le format du fichier en question.
C'est la raison pour laquelle Microsoft Windows masque par défaut l'extension. Ceci peut être modifié dans les paramètres d'affichage des "options de dossiers", et le changement d'extension devient alors possible. Cependant Windows avertit l'utilisateur que le fichier risquera "d'être inutilisable" avec une demande de confirmation avant de faire le changement.
Dans Windows, il est difficile de déterminer le type d'un fichier dont l'extension est erronée (ceci peut être exploité par certains utilisateurs pour camoufler certains fichiers sous une apparence trompeuse).
Au contraire, avec Unix, la simple commande file permet de reconnaître le format d'un fichier, par une reconnaissance heuristique du contenu.
Sous Mac OS, le type de fichier n'est pas enregistré dans l'extension ni dans le fichier, mais dans une métadonnée stockée avec le nom, dans les partitions HFS, sous forme d'un type et d'un creator (indication du logiciel devant ouvrir le fichier), deux champs de quatre caractères chacun. Cela pose des problèmes lors d'échanges avec des systèmes non Mac, qui ne reconnaissent pas cette information.