La standardisation d'une hiérarchie de système de fichiers a commencé en août 1993. Le FSSTND (Filesystem Standard) est un standard sur la hiérarchie de système de fichiers spécifique à GNU/Linux ; la première version date du 14 février 1994. Les versions suivantes datent du 9 octobre 1994 et 28 mars 1995.
En 1996, la définition de ce standard a été généralisée aux différents Unix et à leurs dérivés (voir Unix-like), en accord avec les membres de la communauté de développeurs BSD. Ce standard est alors renommé en Filesystem Hierarchy Standard.
Le FHS est maintenu par le Free Standards Group (en) qui compte parmi ses membres Hewlett-Packard, Red Hat, IBM, Dell, etc.
La vaste majorité des distributions GNU/Linux ne respectent pas strictement le standard, même celle développée par des membres du Free Standards Group (par exemple, le répertoire /srv/). De plus, d'autres versions d'Unix ont une approche complètement différente :
- GoboLinux.
- Mac OS X utilise des noms plus explicites, tels que /Library/, /Applications/ et /Users/.