Chez les humains, on trouve de 500 à 1000 espèces différentes de microorganismes. Parmi celles-ci, 99 % sont des anaérobies stricts (vivant sans oxygène). La bactérie intestinale la plus connue chez l'Homme est Escherichia coli. La flore intestinale se développe au cours des premiers jours de la vie et demeure ensuite, sauf en cas de maladies, étonnamment stable. Chez un humain adulte, la flore intestinale est composée de 10 bactéries (c'est-à-dire dix fois plus que le nombre de cellules humaines dans le corps) avec un poids total d'un kilogramme et demi (1,5 kg). Si chacun possède son propre microbiote, les chercheurs de l'INRA ont mis en évidence l'existence d'un petit nombre d'espèces partagées par tous qui constitueraient le noyau phylogénétique du microbiote intestinal humain.
Le matériel génétique du microbiote est estimé 100 fois plus important que celui du génome humain.[2].
Une fonction importante de la flore intestinale est la désagrégation de substances que notre propre système est incapable de démanteler, par exemple les cartilages et les molécules de cellulose. Une autre fonction importante est la synthèse de substances indispensables, par exemple la vitamine K, qui joue un rôle essentiel dans la coagulation sanguine. Dans de rares cas, il peut arriver que la flore intestinale d'un nouveau-né ne soit pas encore à même de produire de la vitamine K. Par précaution, chaque nouveau-né reçoit une injection intramusculaire de vitamine K.
Les selles sont composées pour une grande partie de bactéries intestinales.
Des chercheurs évoquent que ce microbiote devrait être considéré comme un organe à part entière : "The microbiota can be viewed as a metabolic “organ” exquisitely tuned to our physiology that performs functions that we have not had to evolve on our own. These functions include the ability to process otherwise indigestible components of our diet, such as plant polysaccharides."
