La gastrostomie peut être réalisée lors d'une intervention chirurgicale, mais, le plus souvent, elle est réalisée par le gastroentérologue lors d'une fibroscopie, et parfois par le radiologue, sous contrôle radiologique. Ces deux dernières techniques sont dites percutanées et sont mieux supportées, surtout pour les patients fragilisés. L'intervention peut être réalisée sous anesthésie générale, mais est généralement bien supportée sous anesthésie locale pour les méthodes percutanées, ce qui est mieux toléré chez des patients fragiles. Elle est précédée par la mise sous antibiotiques permettant de diminuer substantiellement le risque de complications infectieuses.
Lors d'une gastrostomie endoscopique percutanée, un fibroscope est introduit dans l'estomac. Ce dernier est gonflé par insufflation d'air. La source de lumière, située à l'extrémité de l'endoscope, est dirigée vers la paroi externe et peut être alors visualisé sur la peau du patient : une incision est faite à ce niveau, après anesthésie locale, permettant d'y introduire un guide métallique qui est saisi par le fibroscope. Ce dernier est retiré et le guide métallique connecté au cathéter de gastrostomie. La traction du guide à travers la peau permet le passage du cathéter dans l'oesopage, puis dans l'estomac, puis à travers l'incision cutanée. Le renflement de son extrémité évite qu'il ne sorte complètement.
