Le décor le plus remarquable à Damas est constitué par les mosaïques de verre à fond d'or qui recouvrent en grande partie les murs. Néanmoins, outre le fait que ces mosaïques sont pour la plupart des reconstitutions, en raison des dommages causés par l'incendie de 1893, elles ne sont par les seules composantes d'une décoration qui comprend aussi beaucoup de bois sculpté (charpente, entraits, portes à vantaux, maqsura), et des revêtement de marbre blanc sur les murs et le sol. Six grilles de marbre à motifs géométriques sont également conservées. Il fallait aussi compter avec des peintures, actuellement diparues, et sans doute des apports de bronze (lustres et feuillets recouvrant le bois, comme au dôme du Rocher), qui n'existent plus non plus.
Les mosaïques
La mosaïque s'étendait autrefois sur toutes les parties hautes de la mosquée, dans la cour et le haram, créant une couverture qui commençait juste au-dessus des panneaux de marbre. On la trouve actuellement dans le vestibule est, sur une large surface de la face nord du transept, sur les arcs du riwaq. Mais le panneau le plus célèbre est le panorama de la rivière Barada, mis au jour au début du XX siècle sur le portique ouest, et qui mesure 34,5 mètres de long pour 7 mètres de haut. Recopié grandeur nature par trois artistes syriens au moment de sa découverte, il est actuellement toujours conservé in-situ, mais la copie se trouve au musée du Louvre.
Il y a une certaine naïveté dans le traitement, malgré les emprunts à la tradition classique dans nombre de motifs (acanthes, vases jaillissant, cornes d'abondance, arbres traités de manière réaliste), qui existaient déjà au dôme du Rocher. Par contre la référence au monde sassanide est ici inexistante.
Selon Richard Ettinghausen, le thème dominant et nouveau est celui de l'architecture. On trouve ainsi représentés des palais (architectures riches à étage), des maisons, assemblées comme dans un village, et des constructions uniques, un hippodrome, un portail à ciel ouvert. Cette iconographie pacifique (sans fortification) servirait à montrer l'étendue du dar al-islam.
Une autre lecture peut être menée, par comparaison avec les mosaïques à visée eschatologique de la Grande Mosquée de Médine, réalisées dans la même technique et les mêmes tons. Les arbres seraient alors une référence au paradis tel que présenté dans la religion musulmane, comme un vaste jardin, les perles pourraient être une référence aux huris. De plus, ces mosaïques sont marquées par la tradition chrétienne, peut-être parce qu'elles ont été réalisées dans un lieu à majorité chrétienne, et peut-être par des artisans byzantins. Or, les arbres prennent plus ou moins la place des martyrs, tels qu'on les trouve sur les mosaïques chrétiennes de la rotonde de Saint-Georges de Thessalonique, par exemple. On peut donc construire tout un faisceau de références eschatologiques ou paradisiaque à partir de ces décors, références que mentionne également Muqaddasi.