En développement depuis plusieurs années, mais à titre de programme de recherche sur le turboréacteur HF118, conçu en partenariat avec General Electric, et destiné à l'aviation d'affaires, le premier prototype effectua son premier vol le 3 décembre 2003.
Après le Honda MH01 et Honda MH02 qui n'ont pas été construit en série, Il s'agit du troisième projet d'avion de Honda qui a entamé ses efforts dans l'aéronautique dans les années 1980.
Son principal concepteur est Michimsa Fujino qui après avoir songé à cet avion en 1996, fit les premiers dessins en 1997 et finalisa la configuration en 1999.
Le prototype immatriculé N420HA a été construit au Japon et assemblé par la Honda Aircraft Company fondée en août 2003 sur la base du centre de recherche Honda R&D Americas implanté à côté du Piedmont Triad International Airport de Greensboro en Caroline du Nord en 2000 .
La première exposition au public eut lieu au meeting aérien de l'Experimental Aircraft Association le 28 juillet 2005 à Oshkosh.
L'ouverture du carnet de commandes du HondaJet eut lieu en octobre 2006 et son prix est alors estimé à environ 3,65 millions de dollars américains, Hondajet annonce une centaine de commandes début janvier 2007. En avril 2009, Honda un prix unitaire de 3,9 millions de dollars et un nombre de commande inchangé.
La construction du siège social et l'usine Honda Aircraft Company ont commencé le 27 juin 2007 pour un coût de 100 millions de dollars. L'installation à une superficie de 369 000 pieds carrés (soit 1,1247 kilomètre carré) .
La construction en série pourra atteindre les 70 avions par an et les livraisons commenceront fin 2011 .
Sur le plan commercial, Honda s'est associé à The New Piper Aircraft pour la vente et la distribution de son avion.
