La musique achetée sur les iTunes Music Stores est au format AAC, un format dérivé du MP3. Le débit des morceaux est de 128 Kbps, la fréquence d'échantillonnage est de 44 100 kHz, et elle est munie du système de gestion des droits numériques (GDN, ou DRM) FairPlay, ce qui la rend lisible uniquement sur les baladeurs numériques iPod ou un ordinateur sur lequel iTunes est installé et autorisé à lire la musique ou les vidéos achetés à travers le compte utilisateur du client (jusqu'à cinq ordinateurs Mac ou Windows peuvent être autorisés simultanément par compte). Deux versions respectives des modèles de téléphone mobile Motorola ROKR et RAZR sont également compatibles avec iTunes.
Le 17 mars 2005, Jon Lech Johansen, célèbre pour avoir expliqué comment outre-passer la protection des DVD, expliqua comment pouvoir déverrouiller les morceaux achetés sur l'iTunes Music Store (la solution proposée est désormais obsolète).
Les iTunes Stores proposent également à la vente une sélection de livres audio au format Audible, et les vidéos musicales, épisodes de séries télévisées et films vendus sont au format H.264. Certains albums sont proposés en pré-commande, et téléchargeables automatiquement lors de leur sortie.
Le 6 février 2007, le CEO d'Apple Steve Jobs, anticipant les défis juridiques auxquels la société doit faire face en Europe au vu des problèmes d'interopérabilité, suggère dans une lettre ouverte sur le site d'Apple que les Européens fassent pression sur les grandes maisons de disques (« dont deux et demi » sont basées en Europe) pour renoncer à exiger des distributeurs comme l'iTunes Store et ses concurrents l'utilisation de protection logicielles via GDN, qui selon lui sont inefficaces et vouées à le rester.
Le 2 avril 2007, un des majors de l'industrie du disque, le groupe EMI annonce que tout son catalogue sur iTunes store sera disponible sans gestion des droits numériques, et avec une qualité supérieure lors de l'achat d'albums (sans surcoût), et lors de l'achat d'un titre à l'unité moyennant un surcoût.