Sur la planète Skaro, Le Maître, un Seigneur du Temps comme le Docteur, est jugé coupable et est condamné à être exterminé par les Daleks. Sa dernière volonté est de revenir sur sa planète d'origine, Gallifrey, accompagné par son ennemi juré, le Docteur. Ce dernier accepte et les cendres du Maître se voient transportées jusqu'à Gallifrey dans un petit conteneur.
Cependant, lors de ce voyage à bord du TARDIS, le conteneur est secoué et une sorte de larve noire visqueuse en sort. Elle endommage ensuite le poste de commande du TARDIS qui se voit obligé d'atterrir en urgence sur la Terre.
Au même moment, le 30 décembre 1999 à San Francisco, trois amis sino-américains courent dans des ruelles pour échapper à un groupe de malfaiteurs. Ils se font rattraper et se retrouvent pris au piège dans une impasse. Lorsque le dernier des trois amis encore en vie, Chang Lee, est sur le point de se faire abattre, un fort vent se fait sentir et Lee se retrouve derrière le TARDIS. Sort alors le Docteur qui reçoit la balle avant de glisser au sol. Lee appelle une ambulance mais, pendant ce temps, le Maître, toujours sous forme de larve visqueuse, réussit à s'enfuir.
Dans l'ambulance, Lee signe les documents que Bruce, un des ambulanciers, lui remet. En guise de nom pour le Docteur, il écrit "John Smith", afin qu'il puisse être soigné. Arrivé à l'hôpital, le Docteur est envoyé au bloc opératoire tandis que la larve se cache dans l'ambulance. Le personnel médical présent dans la salle d'opération est intrigué par le fait que la radiographie montre deux cœurs. Ils font alors revenir la cardiologue qui assure la garde, le docteur Grace Holloway ; celle-ci assistait à une représentation d'un opéra de Giacomo Puccini, Madame Butterfly. Alors que l'équipe de nuit tente de trouver pourquoi un des cœurs bat de manière irrégulière, le Docteur se réveille brusquement. Il tente alors d'expliquer qu'il n'est pas humain et qu'il a besoin d'une horloge atomique au béryllium. Mais l'équipe lui administre une nouvelle dose de sédatif. Il se réveille encore une autre fois, puis se rendort.
Alors que l'équipe explore le corps du Docteur avec un endoscope, celui-ci entre en fibrillation et malgré les tentatives de réanimation, le Docteur meurt à 22 h 03.
