Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Mammalia (ou Mammifères), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre les différents groupes (ou taxa) d'organismes vivants. Du fait de ses méthodes nouvelles basées notamment sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification uniquement basée sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi certains points particuliers font-ils encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme mentionne aussi bien les groupes encore représentés dans la nature actuelle que ceux qui sont éteints (il inclut donc les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
La phylogénie des Mammifères est l'un des lieux où s'affrontent les tenants des analyses moléculaires et les paléontologues, bien que des deux côtés elle soit instable ! On a suivi ci-dessus les résultats courants des phylogénies moléculaires (cf. Murphy), d'où la place incertaine d'un certain nombre de taxa fossiles. Les Afrothériens apparaissent à la base de l'arbre des Placentaires, les Insectivores et les Ongulés, polyphylétiques, ont éclaté en plusieurs branches indépendantes.
Sur la difficulté de construire une phylogénie sur les seuls critères morphologiques (seuls disponibles pour les fossiles), on lira avec profit l'article de 2007 de Springer et alii.
On propose ci-dessous l'une des dernières phylogénies en date tenant compte des fossiles et de leur date supposée : ici, les auteurs considèrent que les Placentaires sont apparus en gros à la limite Crétacé - Tertiaire, et que les Zhélestidés et autres taxa fossiles habituellement répartis près des différents groupes actuels sont des Euthériens pré-placentaires. L'arrangement des différents groupes de Placentaires est ici original tant par rapport aux anciennes classifications phénétiques que par rapport aux phylogénies moléculaires.
Kenneth D. Rose et J. David Archibald : The rise of placental mammals: origins and relationships of the major extant clades, Johns Hopkins University Press, Baltimore, 2005, ISBN 978-0801880223
Mark S. Springer, Michael J. Stanhope, Ole Madsen et Wilfried W. de Jong : « Molecules consolidate the placental mammal tree », Treds in Ecology and Evolution, vol. 19, n°8, 2004, pp. 430-438
William J. Murphy, Eduardo Eizirik, Stephen J. O'Brien, Ole Madsen, Mark Scally, Christophe J. Douady, Emma Teeling, Oliver A. Ryder, Michael J. Stanhope, Wilfried W. de Jong et Mark S. Springer : « Resolution of the Early Placental Mammal Radiation Using Bayesian Phylogenetics », Science, vol. 294, n°5550, 2001, pp. 2348-2351
