Sous Windows XP, il est possible de recréer la routine de boot du MBR sous DOS à l'aide de la commande FIXMBR. Le Master Boot Record est ainsi réécrit. Cela permet d'éliminer certains virus de boot (Si la commande est exécutée depuis une disquette car les virus de boot détournent souvent l'interruption 13h), de restaurer un MBR endommagé (Le PC ne démarre plus), ou de supprimer un chargeur de démarrage installé dans le MBR. (lilo, GRUB, etc.)
Pour sauvegarder et restaurer le MBR sous windows, il faut utiliser le programme debug. Sous UNIX et Linux, la commande dd (il faut évidemment prendre soin de sauvegarder et restaurer uniquement le premier secteur, soit les 512 premiers octets du disque). ATTENTION : il est très risqué de restaurer le MBR d'un disque dur sur un autre, car cela remplacerait la table des partitions du second disque par celle du premier ! La seule exception à cette règle est si les deux machines ont des configurations matérielles strictement identiques, notamment si les disques durs sont les mêmes ainsi que leur partitionnement (cas d'un parc de machines en entreprises).
Sous Windows XP, la commande à utiliser pour restaurer le MBR est fixmbr. Elle est accessible depuis la console de récupération.
Sous Windows Vista, la commande à utiliser pour restaurer le MBR est bootrec /FixMbr. Elle est accessible depuis la console de récupération. Il est à remarquer que si le MBR initial pointait vers un chargeur d'amorçage de Linux (GRUB, LILO), celui-ci devient inaccessible après cet écrasement. Il faut alors démarrer sur un CD-ROM Linux (installation/restauration) et le restaurer par ce moyen.