Note : En tant que remake, le jeu reprend la trame du jeu original
Plus d'un siècle après les évènements de la première série, le professeur Cain, archéologue, découvrit les ruines du laboratoire du professeur Light. Il trouva aussi une capsule contenant un robot très avancé, X. Fasciné par cet androïde, le professeur s'empressa de copier minutieusement ses incroyables fonctionnalités afin de créer une nouvelle espèce d'androïde, les Réploïdes.
Malheureusement, en raison de leur programmation hautement complexe, les Réploïdes étaient susceptibles de se comporter de manière instable, voire carrément dangereuse. Tout Réploïde défectueux ou criminel est considéré comme un Maverick. Pour combattre la menace que représentent ces dangereux androïdes, une organisation spéciale de maintien de l'ordre, les Chasseurs de Mavericks (Maverick Hunters), a été fondée et dont la supervision fut confiée à Sigma, un des Réploïdes les plus avancés du moment.
Seulement, même Sigma n'était pas à l'épreuve d'un comportement "Maverick" et, très vite, le puissant Réploïde est devenu le chef des Mavericks et, par la même occasion, l'antagoniste principal de la série.
C'est là qu'intervient Megaman X. Se sentant responsable de la tournure des événements, X a choisi de combattre la menace Maverick et s'est engagé à arrêter, coûte que coûte, le Réploïde renégat et ses sbires.