La mer est reliée à d'autres mers par six détroits peu profonds :
- le détroit de Tartary (ou détroit de Mamiya) entre le continent asiatique et les îles Sakhaline, la relie à la mer d'Okhotsk ;
- le détroit de La Pérouse (ou détroit du Soya) entre les îles de Sakhaline et Hokkaid?, la relie à la mer d'Okhotsk ;
- le détroit de Tsugaru entre les îles du Hokkaid? et Honsh?, la relie à l'océan Pacifique ;
- le détroit de Kanmon entre les îles de Honsh? et Ky?sh?, la relie à l'océan Pacifique ;
- le détroit de Tsushima entre les îles de Ky?sh? et Tsushima, la relie à l'océan Pacifique ;
- et le détroit de Corée entre Tsushima et la péninsule coréenne, la relie à la mer de Chine orientale.
Le point le plus profond est de 3 742 mètres au-dessous de niveau de la mer, la profondeur moyenne est de 1 752 mètres. La superficie de la mer est d'environ 978 000 km². La mer a trois bassins principaux : le bassin de Yamato se situe dans le sud-est de la mer du Japon/mer de l'Est ; le bassin du Japon dans le nord ; le bassin de Tsushima dans le sud-ouest. Le bassin du Japon est la région la plus profonde de la mer, alors que les eaux les moins profondes peuvent être trouvées dans le bassin de Tsushima.
Sur les rivages orientaux, les plateaux continentaux de la mer sont larges, mais sur les rivages occidentaux, en particulier le long de la côte coréenne, ils sont étroits, faisant en moyenne 30 kilomètres. L'eau chaude de la mer contribue au climat doux du Japon.
Le nord et le sud-est de la mer sont des secteurs de pêche riches. L'importance de la pêche en mer est bien illustré par les réclamations mutuelles sur Dokdo (les Rochers de Liancourt) par le Japon et la Corée du Sud. La mer est également importante pour ses dépôts de minerai, en particulier le sable de magnétite. On y trouve également du gaz naturel et quelques gisements de pétrole. Depuis la croissance des économies de l'Est asiatique, la mer du Japon/mer de l'Est est une voie commerciale importante.