Introduction
Le microbiome (du grec micro = petit et bios = vie) est l'« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois groupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent et/ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant.
La muqueuse de l'estomac (ici vue en coupe, au microscope) abrite certains micro-organismes, en dépit de l'extrême acidité du milieu stomacal. L'une de ces espèces (Helicobacter pylori) joue un rôle dans l'ulcère gastro-duodénal
Le microbiome est l'expression des conditions écologiques de ces milieux (température, pH, teneurs hormonales, en graisses, en protéines, etc. exposition aux UV, absence de lumière, type de muqueuse, etc.), conditions auxquelles vont répondre les communautés microbiennes en cause, individuellement et/ou collectivement, et qu'elles peuvent modifier ou entretenir.
Ce concept embrasse les notions de communauté microbienne, d'interactions fonctionnelles entre micro-organismes et entre eux et l'organisme ou différents organes (allant du simple commensalisme jusqu'à la symbiose).
Par extension, le microbiome peut désigner la somme des génomes des micro-organismes vivant dans ou sur un organisme animal ou végétal (hors état pathologique). Un séquencage collectif de ces organismes est possible (métagénomique), applicable à un écosystème complet.