Le monastère a été fondé au XII siècle par le roi serbe Stefan Nemanja (devenu Saint Siméon) et son fils Rastko Nemanjic (devenu Saint Sava).
En raison du faite que ses fondateurs soient Serbes et que tous les moines étaient des membres de l'Église orthodoxe serbe, il est aussi appelé "Le monastère serbe". Aujourd'hui, Hilandar représente un des plus grands sanctuaires religieux mais aussi culturel pour le peuple serbe.
Deux chartes médiévales royales bulgares, la charte Virgino et la charte Oryahov, ont été trouvés dans la bibliothèque de Hilandar.
Dans les années 1970, le gouvernement grec a offert l'installation du réseau électrique à tous les monastères du mont Athos. Le Saint-Conseil du Mont Athos a refusé, et, depuis lors, chaque monastère génère sa propre énergie, qui est acquise le plus souvent à partir de sources d'énergie renouvelables. La République monastique du Mont Athos est le seul état au monde à être à 100% autonome de toute ressource fossile. Pendant les années 1980, l'électrification du monastère de Hilandar a eu lieu.
En 2004 le 4 mars, un accident s'est produit lorsque l'un des appareils de chauffage n'a pas été désactivé, le vieux bois sec utilisé pour construire cette partie du monastère s'enflamme. Le feu a endommagé de manière significative Hilandar, et environ 40-50% du monastère au sol à brûlé.
Il a depuis été presque totalement réhalibilité grâce notamment au soutien de fonds venus de Serbie.
