Motu Nao est tout ce qu'il reste du sommet d'une île aujourd'hui engloutie par un phénomène de subsidence.
Hormis ce pic, le reste du sommet se trouve à quarante mètres sous la surface. Les images satellites montrent qu'il est entouré d'une structure circulaire d'environ trois kilomètres de diamètre, mais il n'est pas possible de dire s'il s'agit d'un îlot entouré d'un plateau corallien submergé, comme à Fatu Huku ou Hatu Iti, ou du sommet d'un guyot. Cette île est en fait pratiquement un mont sous-marin.
Contemporaine de sa proche voisine Fatuiva, elle est agée de 1,34 millions d'années. Motu Nao était plus petite et moins haute que Fatuiva, ce qui explique qu'elle ait déjà presque disparue. La vitesse de subsidence étant d'un millimètre par an, on peut calculer que l'île était à l'origine aussi haute que les autres îles Marquises d'aujourd'hui .