L'église de Sainte-Marie est citée dès 782 ; on sait qu'elle était au XI siècle. entre les mains des Nicolaïtes, clercs hérétiques. En 1078 ou 1086, elle fut affiliée comme prieuré régulier de l'ordre de Saint-Benoît à l'abbaye Saint-Victor de Marseille, prenant alors le nom de Beata Maria de la Morguia, Nostra Dona la Morguia ou Beata Maria de Monachia.
Au XVI siècle, le prieuré est en pleine déshérence : en 1572, la messe n'y est plus célébrée ; en 1602, il n'y a plus que trois religieux, un prieur, un sacristain.
En 1662 l'archevêque de Narbonne François Fouquet, alors en exil à Alençon, poussa le prieuré à adhérer à la congrégation de Saint-Maur qui le restaura.
À la Révolution, le couvent fut désaffecté et, de 1824 à 1889, les bâtiments servirent de caserne ; ils furent finalement abattus en 1902, et l'église ne dut son salut qu'à son utilisation comme entrepôt depuis 1868 pour conserver les divers éléments sculptés antiques retirés des remparts narbonnais lors de leur démolition.
Elle sert désormais de musée lapidaire et contient plus de 1 700 blocs d'origine antique.