La panthère de Floride a longtemps été considéré comme une sous-espèce du Puma, dans le cadre de la classification Puma concolor coryi (anciennement Felis concolor coryi). La panthère de Floride est protégé de la chasse légale depuis 1958, et en 1967 il a été classé comme espèce menacée par le US Fish and Wildlife Service, il a été ajouté à la liste des espèces menacées de l'Etat de Floride en 1973.
Une étude génétique du génome mitochondrial constate qu'une grande partie des sous-espèces supposées du Puma sont trop semblables pour être reconnues comme distinctes , suggérant une reclassification de la panthère de Floride et de nombreux autres sous-espèces en tant que Puma nord américain (Puma concolor couguar). Après étude, le Mammal Species of the World (3e édition) cesse finalement de reconnaître la panthère de Floride comme une sous-espèce, et l'inclut dans la sous-espèce du Puma nord américain .
Malgré ces résultats, il est toujours répertorié en tant que sous-espèce Puma concolor coryi dans les travaux de recherche, notamment ceux qui sont directement concernées par sa conservation. En réponse à la recherche qui a suggéré de retirer son statut de sous-espèce, le Florida Panther Recovery Team note «the degree to which the scientific community has accepted the results of Culver et al. and the proposed change in taxonomy is not resolved at this time. ".
