La phalloïdine se lie spécifiquement à l'interface entre les sous-unités d'actine F, bloquant les sous-unités adjacentes ensemble. Ce heptapeptide bicyclique qui se lie plus facilement aux filaments qu'aux monomères d'actine, conduisant à la diminution de la constante de vitesse de dissociation des sous-unités d'actine à la fin du filament, ce qui le stabilise en prévenant sa dépolymérisation. De plus, la phalloïdine inhibe l'activité hydrolysase d'ATP de l'actine F. Ainsi, la phalloïdine piège les monomères d'actine dans une conformation distincte de l'actine G et elle stabilise la structure de l'actine F en réduisant de façon importante la constante de vitesse pour la dissociation des monomères, un phénomène associé au piégeage de l'ADP. Globalement, la phalloïdine se trouve réagir stœchiométriquement avec l'actine, promouvant sa polymérisation et stabilisant les polymères .
Cette toxine a des effets différents selon sa concentration dans la cellule. Lorsqu'elle est introduite dans le cytoplasme à de faibles concentrations, la phalloïdine recrute les formes les moins polymérisées d'actine cytoplasmique, ainsi que les filaments, dans des « îlots » stables d'agrégats de polymères, mais elle n'interfère pas avec les câbles de tension, c'est-à-dire les épais faisceaux de microfilaments. Wehland et al. notèrent également qu'a de plus fortes concentrations, la phalloïdine induit une contraction cellulaire.