Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhodophyta (Rhodobionta, Rhodophytes, Algues rouges), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
L'arbre ci-dessous (résumé et développé) suit le « Tree of Life Web Project » pour les Floridéophycées, modifié et augmenté selon les classifications proposées par Saunders et Hommersand, 2004, et Yoon, 2003 et 2006, et les phylogénies sur lesquelles ils s'appuient, pour les niveaux supérieurs à la famille (voir plus bas dans cette page).
Dans l'arbre développé, les familles sont, sauf exception, simplement listées et non pas encore classées phylogénétiquement, là où il y en a plus de deux dans le même ordre. À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Rhodophyta ├─o Cyanidiophytina └─o Rhodophytina ├─o Porphyridiophyceae ├─o Stylonematophyceae ├─o Compsogonophyceae └─o ├─o Rhodellophyceae └─o Eurhodophytina ├─o Bangiophyceae └─o Florideophyceae ├─o Hildenbrandiophycidae └─o ├─o Nemaliophycidae └─o ├─o Ahnfeltiophycidae └─o Rhodymeniophycidae
 Laurencia sp. (Florideophyceae, Ceramiales, Rhodomelaceae) |
Au fil des analyses moléculaires, l'ancien taxon des Bangiophycées, qui comprenait toutes les Rhodophytes autres que les Floridéophycées, a montré son caractère totalement paraphylétique. La position relative, à la base des Rhodophytines sensu Yoon, des clades des Compsopogonophycées, des Porphyridiales, des Stylonématales, voire des Rhodellales, n'est pas encore claire.
En passant en revue les données phylogénétiques publiées auparavant, Saunders et Hommersand (2004) proposent de redéfinir les relations entre les taxons, en se concentrant sur les taxons de niveaux supérieurs à l'ordre.
Les termes de Rhodoplantae ou de Rhodobiota (Rhodobiontes) proposés assez récemment par certains auteurs sont discutés. La dernière phylogénie en date propose de ne retenir que le terme de Rhodophyta (Rhodophytes) pour l'embranchement, avec deux sous-embranchements : Cyanidiophytina et Rhodophytina (Yoon et al., 2006).
Ce travail est basé sur l'analyse des séquences de deux gènes chloroplastiques (psaA et rbcL) dans 48 espèces et de 7 autres séquences (psaB, psbA, psbC, psbD, tufA, 18SrADN et 16SrADN) dans un nombre de taxons plus restreint.
Deux hypothèses différentes existent.
Selon, entre autres, Moreira et al. (2000), les Rhodophyta (qu'ils nomment Rhodobionta) sont le taxon-frère des Chlorobionta et ces deux groupes forment les Metabionta.
Selon Van de Peer & De Wachter (1997), Nozaki et al. (2003, 2005), Yoon et al. (2002 et 2004), les Rhodophyta ne sont pas le groupe-frère des plantes vertes, et seraient à la base d'un vaste taxon comprenant des groupes précédemment rattachés aux protistes ainsi que les Straménopiles.