Il existe d'autres algorithmes qui permettent de calculer la transformée de Fourier rapide. Pour une taille n = n1n2, avec des nombres premiers entre eux n1 et n2, il est possible d'utiliser l'algorithme PFA (Good-Thomas) basé sur le théorème des restes chinois. Le PFA est similaire à celui de Cooley-Tukey.
L'algorithme de Rader-Brenner est aussi une variante de Cooley-Tukey avec des facteurs de rotation purement imaginaires qui améliorent les performances en réduisant le nombre de multiplications mais au détriment de la stabilité numérique et une augmentation du nombre d'additions. Les algorithmes qui procèdent aussi par des factorisations successives sont ceux de Bruun et l'algorithme QFT. Les versions originales travaillent sur des fenêtres dont la taille est une puissance de deux mais il est possible de les adapter pour une taille quelconque. L'algorithme de Bruun considère la transformée de Fourier rapide comme une factorisation récursive du polynôme z − 1 en des polynômes avec des coefficients réels de la forme z − 1 et z + a**z + 1.
L'algorithme de Winograd factorise z − 1 en un polynôme cyclotomique, dont les coefficients sont souvent -1,0 ou 1 ce qui réduit le nombre de multiplications. On peut voir cet algorithme comme la version optimale en termes de multiplications. Winograd a montré que la transformée de Fourier discrète peut être calculée avec seulement O(n) multiplications, ce qui représente une borne inférieure atteignable pour les tailles qui sont des puissances de deux. Toutefois, des additions supplémentaires sont nécessaires ce qui peut être pénalisant sur les processeurs modernes comportant des unités arithmétiques performantes.
L'algorithme de Rader est quant à lui destiné aux fenêtres dont la taille est un nombre premier. Il profite de l'existence d'une génératrice pour le groupe multiplicatif modulo n. La transformation discrète dont la taille est un nombre premier s'exprime ainsi comme une convolution cyclique d'une taille n − 1. On peut ensuite la calculer par une paire de transformation de Fourier rapide.
Finalement, un autre algorithme destiné aux transformations avec des tailles qui sont des nombres premiers est due à Bluestein. On l'appelle plus souvent l'algorithme chirp-z. Ici encore, la transformation est vue comme une convolution dont la taille est identique à la fenêtre originale. On utilise à cet effet l'identité j**k = − (j − k) / 2 + j / 2 + k / 2.