Inaugurée en janvier 1999, par le président de la Junte régionale, sa fondation ne date que du 18 septembre 2000, lorsque la junte régionale donne un avis favorable au projet d’ensemble de l’Université de la Vallée d’Aoste proposé par le Comité promoteur et le Comité scientifique, et fonde l’Université de la Vallée d’Aoste. L’autorisation du Ministère italien pour délivrer des diplômes universitaires date du 31 octobre de la même année, le Ministre de l’Université et de la Recherche scientifique a promulgué le décret d’autorisation pour délivrer des diplômes valables légalement qui a été publié sur le Bulletin officiel du 13 novembre 2000. Les premiers cours ont été organisés pour l’année académique 1999-2000.
La création de ce pôle universitaire, débattu pendant une longue période, a été rendu nécessaire par deux raisons : d’une part, à cause de l’introduction en Italie de l’obligation d’un diplôme universitaire pour exercer la profession de instituteur d’école primaire ; et d’autre part pour créer une institution universitaire bilingue italien-français, n’obligeant ainsi plus les Valdôtains à devoir choisir parmi les pôles de Turin ou de Chambéry, voire de Grenoble, et par conséquent pour garantir la formation d’enseignants valdôtains.