A la Révolution, les ordres religieux sont supprimés, cela entraîne la fermeture du monastère de Caunes en 1790.
L'église abbatiale qui appartenait à l'abbaye, devient église paroissiale de la commune, elle a été classée monument historique en 1916.
Dans les années 1990, un programme de restauration est entrepris pour rénover les lieux, cela demande plusieurs décennies pour remettre en état les lieux qui ont été délaissés pendant des siècles.