Ce genre comprend les espèces suivantes :
- Acomys (Acomys) airensis Thomas & Hinton, 1921
- Acomys (Acomys) cahirinus (Desmarest, 1819) - Souris égyptienne ou Souris épineuse ou Rat épineux
- Acomys (Acomys) chudeaui Kollman, 1911
- Acomys (Acomys) cilicicus Spitzenberger, 1978
- Acomys (Acomys) cineraseus Fitzinger et Heuglin, 1866
- Acomys (Acomys) dimidiatus Cretzschmar, 1826
- Acomys (Acomys) ignitus Dollman, 1910
- Acomys (Acomys) johannis Thomas, 1912
- Acomys (Acomys) kempi Dollman, 1911
- Acomys (Acomys) minous Bate, 1906 - Rat épineux de Crète
- Acomys (Acomys) mullah Thomas, 1904
- Acomys (Acomys) nesiotes Bate, 1903
- Acomys (Acomys) percivali Dollman, 1911
- Acomys (Acomys) russatus (Wagner, 1840)
- Acomys (Acomys) seurati Heim de Balsac, 1936
- Acomys (Acomys) spinosissimus Peters, 1852
- Acomys (Acomys) wilsoni Thomas, 1892
- Acomys (Peracomys) louisae Thomas, 1896
- Acomys (Subacomys) subspinosus (Waterhouse, 1838)
