Ensuite, tout au long de son utilisation, il devra subir des maintenances régulières (quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle) par le personnel qualifié du laboratoire, communément par les technologues ou techniciens de laboratoire ainsi que des maintenances plus poussées (changement de pièces importantes) par le SAV du constructeur. Les résultats de ces automates doivent être contrôlés avec des contrôles de qualité (externes ou internes) et, à chaque nouveau lot de réactif, ils doivent être calibrés.